2001-2006 թթ. որպես ՀՀ արդարադատության նախարարության քրեակատարողական վարչության պետ պաշտոնավարած Սամվել Հովհաննիսյանի դեմ առաջադրված մեղադրանքը լրացվել է, և գործն ուղարկվել է Երևանի Արաբկիր և Քանաքեռ- Զեյթուն վարչական շրջանների դատարան: ՀՀ քրեական օրենսգրքի 38-35-104-րդ հոդվածի 2-րդ մասի 7-րդ և 8-րդ կետերով՝ մի խումբ անձանց կամ կազմակերպված խմբի կողմից և շահադիտական դրդումներով, պատվերով՝ շորթմամբ, ավազակությամբ կամ բանդիտիզմով զուգորդված սպանության նախապատրաստության կազմակերպում, նրան ի սկզբանե առաջադրված մեղադրանքից զատ մեղադրանք է առաջադրվել նաև ՀՀ քրեական օրենսգրքի 178-րդ հոդվածի 3-րդ մասի 1-ին կետով՝ առանձնապես խոշոր չափերով խարդախություն:
Ըստ մեղադրանքի, նա Լ. և Թ. Հովհաննիսյանների կողմից 2006 թվականին հիմնադրված և վերջինիս տնօրինությամբ գործող «Սամոշ» ՍՊ ընկերությունում չունենալով գործարքներ կնքելու, նյութական միջոցներ տնօրինելու և այլ իրավունքներ, ինչպես նաև օրենքով նախատեսված լիազորություններ, տարբեր անձանց հետ նույն, գույքի՝ նշված ընկերության կողմից Երևան քաղաքի Մամիկոնյանց փողոցի 51/2 հասցեում կառուցվող բազմաբնակարանային շենքի երկու բնակարանների վերաբերյալ կնքել է կրկնակի գործարքներ և խարդախությամբ՝ խաբեության և վստահությունը չարաշահելու եղանակով հափշտակել է այդ բնակարանների համար վճարված առանձնապես խոշոր չափերի գումարները։
Ըստ մեղադրական եզրակացության, գտնվելով դժվար ֆինանսական վիճակում և իմանալով, որ վրեժխնդրության շարժառիթով դրդված կա անձ, ով մտադիր է պատվիրել եղբորը սպանության համար Գորիս քրեակատարողական հիմնարկում պատիժը կրող դատապարտյալ Ջամալ Սլոյանի սպանությունը, Սամվել Հովհաննիսյանը համաձայնվել է գտնել սպանության կատարողին և միջնորդ հանդիսանալ վերջինիս ու պատվիրատուի միջև։ Ըստ ԱԱԾ-ի, սպանության պատվիրատուն նպատակին հասնելու համար պատրաստակամ է եղել տրամադրել 30.000 ԱՍՆ դոլար։ Ըստ մեղադրանքի, Ս.Հովհաննիսյանը նախկինում երկու անգամ դատապարտվածի միջոցով գտել է «Դատապարտյալների հիվանդանոցում գտնվող» մեկ այլ դատապարտյալի, ով սակարկումների արդյունքում համաձայնել է համաձայնել է 7.500 ԱՄՆ դոլարի չափով վարձատրության դիմաց կատարել սպանությունը։
