Ապարանի ֆիզիկամաթեմատիկական հատուկ դպրոցը հիմնվել է քսան տարի առաջ: Այն Հայաստանում լինելով եզակիներից, սկսել է աշակերտներ ընդունել տարածաշրջանի դպրոցների 7-11-րդ դասարաններից:
Կրթարանը գործունեությունն սկսել է Ապարանի թիվ 2 դպրոցի մասնաշենքերից մեկում տեղակայվելով եւ կարողացել է կարճ ժամանակում կայանալ ու համբավ ձեռք բերել: Այսօր դպրոցը դասվում է հանրապետության առաջատար կրթական հաստատությունների շարքը եւ շարունակում բարձր որակավորմամբ շրջանավարտների պատրաստման կարեւոր առաքելությունը:
Այս երկու տասնամյակի ընթացքում դպրոցը տվել է շուրջ 400 շրջանավարտ: Նրանցից 315-ը ընդունվել է բարձրագույն ուսումնական հաստատություններ: Նրանցից 7-ը գիտությունների թեկնածու է, 10-ը՝ ասպիրանտ: Արդյունք, որ որակյալ, բարձր գիտելիքներ ունեցող մանկավարժների վաստակն է: Կան մանկավարժներ, որ Ապարանի ֆիզիկամաթեմատիկական հատուկ դպրոցում են հիմնադրման օրից: Մանկավարժներից 3-ը գիտությունների թեկնածու է, համահեղինակ՝ ավելի քան 40 գիտամանկավարժական աշխատությունների, հոդվածների եւ մեթոդական ձեռնարկների: 2006 թվականին կրթարանի մանկավարժ-մասնագետների ջանքերով թարգմանվել պատրաստվել է հանրապետության հանրակրթական դպրոցների 6-րդ դասարանի «Ինֆորմատիկա 6» դասաքիրքը եւ տպագրվել 49 000 տպաքանակով: Այժմ կազմվում է «Ֆիզիկա 9» դասագիրքը:
Ապարանի հատուկ դպրոցը հանրապետությունում առաջինն էր, որ Բաց հասարակության հիմնադրամի դրամաշնորհի միջոցներով 1998-ից առանձնացված կապուղով միացվեց համաշխարհային ինտերնետ ցանցին, ինչը սովորողներին հնարավորություն ընձեռեց մասնակցել օն լայն մրցույթների եւ ֆորումների: Կրթօջախը ունի ժամանակակից համակարգիչներ, տեխնիկական այլ միջոցներ, դպրոցի սաները ակտիվ մասնակցում են համապետական բազմազան միջոցառումների, գիտական կոնֆերանսների, դպրոցական հանրապետական օլիմպիադաների՝ արժանանալով պարգեւների եւ լավագույն մրցանակների: Ապարանի ֆիզիկամաթեմատիկական հատուկ դպրոցը «Դպրոցականների օլիմպիական շարժում» հասարակական կազմակերպության անդամ է եւ 2000 թվականից սկսած՝ կազմակերպում, անցկացնում է դպրոցականների միջվարժարանային «Ապարանյան գարուն» հանրապետական օլիմպիադան՝ ֆիզիկա եւ մաթեմատիկա առարկաներից:
Այսօր դպրոցը կանգնած է կրթական բարեփոխումների շեմին: Տնօրեն Մանվել Պետրոսյանի կարծիքով՝ ամուր հենքի վրա ստեղծված կառույցը հաստատուն կլինի:
Բայց այսօր Ապարանի ֆիզիկամաթեմատիկական հատուկ դպրոցը շենքային պայմանների բարելավման կարիք ունի: Շենքը վաղուց չի նորոգվել ու ներսից եւ դրսից առանձնապես աչք շոյող տեսք չունի: