Փոքր ՀԷԿ-երը խախտում են գետերի ջրային եւ ջերմային ռեժիմները, խոչընդոտում են ձկների բազմացմանը: Իսկ նրանց կառուցումն առաջ է բերում բնապահպանական լուրջ խնդիրներ: Երեկ նման մտահոգությամբ «կլոր սեղան»-քննարկում են հրավիրել ոլորտի մի շարք մասնագետներ: «Ա1+»-ի փոխանցմամբ, մասնավորապես բնապահպանության նախարարության շրջակա միջավայրի պահպանության վարչության պետ Արամ Գաբրիելյանը նշել է, որ փոքր գետերը կարող են հանդիսանալ հոսանքի աղբյուր, սակայն առաջնահերթությունը պետք է տալ խմելու, ոռոգման ջրին, ձկնաբուծությանը եւ հետո նոր միայն հոսանքի արտադրմանը:
Վայրի բնության համաշխարհային հիմնադրամի հայաստանյան մասնաճյուղի տնօրեն Կարեն Մանվելյանն էլ ասել է, որ էներգետիկայի ոլորտը շատ կարեւոր է, բայց ՀԷԿ-երը կառուցվում են ոչ ճիշտ հաշվարկով. «Գետը ինչքան ջուր ունի օգտագործում են, չմտածելով՝ այն օգուտ կտա՞, թե՝ ոչ: Հաշվի չի առնվում, թե ինչքան խոցելի է այդ էկոհամակարգը, շրջակայքում եղած ծառերը վերանում են եւ վերանում է կենսաբազմազանությունը, բնակչության շահերը եւս հաշվի չեն առնվում: Մարդիկ ունեն իրենց հողատարածքները, մշակում են, եկամուտ ստանում, իսկ այդպիսի ՀԷԿ-եր կառուցելիս՝ այդ ամենը վերանում է»:
Երբ Էներգետիկայի եւ բնական պաշարների նախարարության զարգացման վարչության վերականգնող էներգետիկայի բաժնի պետ Դանիել Ստեփանյանը փորձել է արդարանալ, որ ՀԷԿ-երը շահագործվում են փորձաքննություն անցնելուց հետո, Կ. Մանվելյանը պատասխանել է. «Ոչ ոք չի կարող բացառել, որ փորձաքննություն անցնում են, սակայն՝ չգիտես ոնց, անկախ խնդիրներից, միեւնույն է, կառուցման թույլտվություն ստանում են»:
