Նա միացավ 88-ի համազգային պայքարին, երբ արդեն 65 տարեկան էր եւ ճանաչված գիտնական: Կիսեց «Ղարաբաղ» կոմիտեի իր՝ ավելի երիտասարդ գաղափարակիցների բոլոր դժվարությունները: Հայաստանի անկախացումից հետո շատ արագ դարձավ ընդդիմադիր եւ այդպիսին էլ մնաց՝ թե’ «նախկին» եւ թե’ «ներկա» իշխանությունների օրոք: Նրա վերջին ակցիաներից մեկն էր՝ ծանր, մահացու հիվանդությունը հաղթահարելով՝ Ժիրայր Սեֆիլյանի դատավարությանը մասնակցելը: Ռաֆայել Ղազարյանը կարող էր սխալվել, բայց նա երբեք չէր հարմարվում եւ չէր կեղծում: